Музей сегодня имеет статус музейного объединения. Начиная с 2000 года, один за другим открылись для публики два отдела музеефикации: «Музей-усадьба В.Э. Борисова-Мусатова» и «Дом Павла Кузнецова» (г. Саратов). В конце 2002 года приказом Министерства культуры Российской Федерации к музею присоединены филиалы, находящиеся на территории Саратовской области: «Художественный музей К.С.Петрова-Водкина (г. Хвалынск) и «Картинная галерея в г. Энгельсе, которые прибавились к Художественной галерее в г.Балаково, являющейся филиалом музея с 1977 года.